Er ist am 29. Jänner 1906 in Piller, Pfarre Fließ, als fünftes von neun Kindern einer einfachen und tiefgläubigen Bauernfamilie, geboren.
Erst spät rief ihn Gott in seinen Weinberg.
Er studierte in Absam, Brixen und Mill Hill (London), wo er am 21. Juli 1935 zum Priester geweiht wurde. Im Kreise seiner Lieben feierte er am 28. Juli 1935 das erste heilige Messopfer in seiner Heimatkirche Maria Schnee von Piller.
Im Oktober zog er schon als Glaubensbote in die Mission nach Nord-Borneo (Sabah). Hier wirkte er fast 10 Jahre. Borneo war zu dieser Zeit Neuland für katholische Missionare. Ihre Aufgabe war es, den gefürchteten Kopfjägern, Christus zu verkünden. Pater Flür war lange Zeit in der Station Papar Limbahau, mit 30 Außenstationen im dichten Urwald.
Während der japanischen Besetzung von Britisch-Nord-Borneo von 1942 bis 1945 wurden die Missionare, die aus Ländern der Alliierten stammten, eingesperrt. Msgr. Wachter und seine Mitbrüder aus dem deutschen Sprachraum, darunter Pater Franz Flür, durften weiter arbeiten. Aber gegen Ende des Krieges trauten die Japaner ihnen nicht mehr. Gemeinsam mit dem Apostolischen Präfekt Msgr. August Wachter und 7 Mitbrüdern, mussten sie einen Todesmarsch von 280 km dem Bahngleis entlang zurücklegen und wurden in das sumpfige und moorige Gelände Sapong-Keningau gebracht. Dort war es, dass sie durch die Hand der Japaner ermordert wurden. Über den Hergang der Hinrichtung wurde von den einheimischen Zeugen nichts genaues ausgesagt. Die Leichen der Missionare wurden nie gefunden.
So endete ihr Leben als Bekenner Christi im August 1945.
Der 6. August gilt als sein Todestag.
Von vielen Gläubigen und von Verwandten und Bekannten seiner Heimat wird er heute noch sehr verehrt.